Keď sa Thomas preberie vo výťahu, jediné, na čo si spomína, je jeho krstné meno. Nemá nijaké spomienky na rodičov ani na domov. Pamäť má prázdnu, ale nie je v tom sám. Keď sa dvere výťahu otvoria, obklopia ho cudzie deti a privítajú ho na Fleku, čo je široký otvorený dvor ohraničený kamennými stenami. Podobne ako Thomas, ani Flekári netušia, prečo alebo ako sa sem dostali. Vedia iba to, že každé ráno sa otvoria obrovské dvere do Labyrintu za múrmi Fleku a večer sa opäť zavrú. A každých tridsať dní sa vo výťahu objaví nový chlapec. Flekári túžia vrátiť sa domov, ale zatiaľ nenachádzajú riešenie, ako sa dostať z labyrintu.
Lenže potom sa niečo stane: hneď na druhý deň po Thomasovi príde na Flek dievča, úplne prvé. Ešte ohromujúcejší je však odkaz, ktorý im doručí. Zdá sa, že Thomas je dôležitejší, než sám tuší. Ale na to, aby zistil, kto vlastne je, musí najprv odhaliť temné tajomstvá pochované hlboko vo svojej mysli a bojovať o život so zlovestnými mechanickými tvormi v Labyrinte.